神界と魔界、そして人間界を繋ぐ扉。 その門が開き、少年の家の隣に『神』と『魔王』の家族がやってくる。 とある遺跡で発見され、開いてしまった二つの扉。 その先には神族の住む神界、魔族の住む魔界があった。三つの世界は繋がり、そして人間界に大きな変化をもたらすことに・・・。 物語の舞台は、とある国のとある街。平和に暮らしていたある少年の家の隣に、二つの家族が引っ越してきたことから始まる。その家族こそ、神界の王『神』と、魔界の王『魔王』の家族。どちらも一人娘の願いを受けて、少女達が幼い頃より恋慕してきた、少年の家の隣へと引っ越してきたのだった。 幼い頃、わずかな時間での一人の少年との遭遇。けれど少女達はその時の想いを忘れることなく、その胸にずっと抱き続けていた。少年と同居している幼馴染や、その他多くのものを捲きこんでの波瀾と絶望と、ちょっぴりの希望に満ちた生活が、今始まる。

美少女だけどポンコツなお姉ちゃんの世話をしつつ、 周囲の女生徒たちからも一目置かれている主人公「相生頼斗（あいおいらいと）」 聞くところによれば、世界は一度、崩壊寸前の危機を迎えたらしいが、 そんな過去はすでに忘れ去られてしまったかのように平和な日常が続いている。 神族・魔族といった異世界の文化とも交流が進み、それが当たり前になって世界は退屈を取り戻した。 そんな退屈がずっと続くものだと思っていた。 そこに突然、神界と魔界のプリンセスが現れる。 「私は人間というものと決別するためにここにやってきたのです」 「貴方のお命、頂戴しますわ」 前作をある程度踏襲する導入から一転、主人公は美少女たちから狙われる存在に…。 しかし、それも実は（やはり？）ヒロインたちの恋心あってのこと。 徐々に彼女たちの心に隠されたものが見えてくることに。 ある日を境に、主人公は「神にも悪魔にも狙われている男」と呼ばれるようになってしまった。 彼は退屈な日常を取り戻すことができるのか？ 主人公とヒロインたちの新しい夏が始まる。 退屈な日々よ、ワンスモア！

Bonus disc that comes with the Limited Edition of Shuffle! Essence+ Contains 3 short scenarios.