神界と魔界、そして人間界を繋ぐ扉。 その門が開き、少年の家の隣に『神』と『魔王』の家族がやってくる。 とある遺跡で発見され、開いてしまった二つの扉。 その先には神族の住む神界、魔族の住む魔界があった。三つの世界は繋がり、そして人間界に大きな変化をもたらすことに・・・。 物語の舞台は、とある国のとある街。平和に暮らしていたある少年の家の隣に、二つの家族が引っ越してきたことから始まる。その家族こそ、神界の王『神』と、魔界の王『魔王』の家族。どちらも一人娘の願いを受けて、少女達が幼い頃より恋慕してきた、少年の家の隣へと引っ越してきたのだった。 幼い頃、わずかな時間での一人の少年との遭遇。けれど少女達はその時の想いを忘れることなく、その胸にずっと抱き続けていた。少年と同居している幼馴染や、その他多くのものを捲きこんでの波瀾と絶望と、ちょっぴりの希望に満ちた生活が、今始まる。

Bonus disc that comes with the Limited Edition of Shuffle! Essence+ Contains 3 short scenarios.

「突然だけど、新しい任務よ」 鋼鉄の女、と呼ばれる女上司からの無情な連絡にボクは思わず身構えてしまった。 「え？ 今日からしばらく休暇に入るって言ってありましたよね？」 上司は、ボクの言葉が聞こえているはずなのに何事もなかったかのように話を続ける。 難度の高い女装潜入任務を終えようやく休暇に入れると思っていたボクの元に女上司からの冷たい通達。 しかも、王族がらみの任務だという。 一体、どんなヤバイ仕事なのか……、そう思っていたボクは耳を疑った。 「え？ ただ、学園生活を送るだけ……？」 「そうね。今渡した資料にある人間の学校……そこに生徒として編入して欲しいのよ。もちろん、『人間』として」 どうやら、神界の姫君が近々、人間界への留学を考えているようで、 その下調べに行ってこい、ということだったようだ。 潜入先は人間界にある、人間だけが通うことのできるごくごく普通の学園。 そこに一体何が……。 ボクに選択の余地は無かった。 夏には長期休暇をとって思いっきりエンジョイしよう……。 そう思いつつも、ボクは顔に出さずに敬礼したのだった。

バーベナ学園に秋がやってきた。 この夏、晴れて幼少の頃から夢見ていた頼斗と恋人同士になることができたリシア。 人間界の秋を体感しメランコリックな気分に浸る神界の姫リシアの姿があった。 「私と頼斗くんに今一番必要なもの……それはね、側室なんだよ！」 このまま、恋が愛として結実し、結婚、となったとき 頼斗と二人っきりの結婚式を挙げるべきか否か……。将来の妄想にふけるリシア。 人間との価値観の違いに悩みつつも、神界は一夫多妻制。 やはり結婚するなら一夫多妻制がいいのかもしれない！？ 頼斗に内緒で、リシアの嫁探しが開始する！！ その一方で、バーベナ学園のグラウンドに突如、謎の飛行機が出現する！ 「頼斗くんのお父さん、ひょっとしたら生きてるかも……？」 突如現れた飛行機と、その乗客だった記憶喪失の少女の登場をきっかけとして、 秋のバーベナ学園を舞台に、不思議な旅が始まる…！！