亵渎神灵的第12项理论 ————那是我们所得到的偶然产物 冈部伦太郎——通称冈伦——是个尚未从厨二病毕业的大学生。 自称为「狂气的疯狂科学家·鳳凰院凶真」，与其他两名成员组成立了名为「未来道具研究所」的社团，每天和朋友们发明着稀奇古怪的东西。 这样的他在一次偶然间发明了能将电子短信传到过去的道具， 也就是说产生了“时间机器”—— SERN、John Titor、幻之古董PC“IBN5100”、时间机器、 蝴蝶效应、时间旅行的11种理论——在这诸多要素偶然重叠之时，秋叶原卷起了世界规模的大事件！ 被委以“未来选择权”的冈伦他们下的决断是？

高中私立翠明学园二年级学生的西条拓巳，自称对三次元没有兴趣，和家里的大量美少女人偶一起生活。在他所住的涩谷在2008年9月7日以来发生了连续猎奇杀人事件“新世代的疯狂（ニュージェネレーションの狂気）”，成为了网络和电视上的热门话题。 2008年9月28日深夜，拓巳在聊天室遇到了一个自称“将军”的人。“将军”发言中的URL链接到像是预言下一个猎奇事件的恐怖图像。 第二天，拓巳遇到了和图像中的手法一样的杀人现场。在尸体前站着浑身是血的少女，咲畑梨深。

2009年11月6日。 渋谷区でM7.8の局地的な地震が発生。 渋谷駅周辺の市街地は壊滅状態となり、最終的な死者は3851人に達した。 そして、2015年。 物語は復興後の渋谷から始まる——

1975年的『IBN5100制成』1991年的『海湾战争』2000年的『千年虫问题』2009年的『新世代的疯狂事件、涉谷毁灭』 2010年的『某个划时代的发明』 下一个世界线的大分歧是在2019年的种子岛。 舞台是中央种子岛高中即将被废部的机器人研究部。 Robotic;Notes的故事发生在世界线变动率『1.048596』的世界线上。 也就是处在Steins；Gate世界线延长线上2019年的种子岛。 这时手握关键的是『JAXA』。 “拯救世界的不是英雄——而是死宅。”

情報インフラが益々発達し、世界の距離が縮まった2020年。 拡張現実をより身近なものとした「ポケコン」と呼ばれるタッチパッドデバイスが普及し、産業用のみならず、民生用ロボットも一般化した時代となっていた。 そういった中、2月に発生したロボットの反乱事件は決戦場となった種子島の高校生たちの活躍により収束したものの、ネットワークを通じた世界的な危機は、情報社会の脆弱性を示すには充分であった。 あれから半年。夏祭りの準備でにぎわう種子島。 高校を卒業し、宇宙飛行士を目指し浪人中の主人公・八汐海翔は久しぶりに帰省した故郷の港にて知り合いのJAXA職員、天王寺綯を通じ橋田至という男に出会う。 偶然海翔と同じ船に乗り合わせていたと語る彼は、観光目的で島を訪れたというが、どうにも言動がおかしい。 久しぶりに再会した元ロボ部で幼馴染の瀬乃宮あき穂と大徳淳和。 ロボ部の後輩、神代フラウや日高昴。 2月の事件がきっかけで知り合った少女、行舟愛理。 そして、天王寺綯、橋田至と共に夏を満喫して過ごす日常の中で、微かに違和感を感じる出来事が頻発し始める。 それは、再び世界を混乱に陥れようとする事件の前触れであった……

世の中にあふれたオカルティックなインチキをバッサリ！のハズが……。 幽霊、UFO、UMA、超能力や黒魔術、都市伝説や超常現象と呼ばれる数多の不可解な出来事。 それらを信じるオカルト心棒派と、世の中にあふれたオカルトというインチキを科学的に暴き、論破しようとする者たちが集い、論争するブログ「キリキリバサラ」。 我聞悠太（がもん ゆうた）は「キリキリバサラ」の運営者。 その崇高な目的は、オカルトをネタにアフィリエイトで稼ぐこと。 自身はオカルトなんて信じちゃいないが、儲けになりそうなブログネタの取材に行った先で、他殺死体を発見する。 狼狽しながらも誰にも見つからずに逃げ出した悠太だが、図らずもそれは「ニゴロ事件」とも関係し、「幽霊」の存在に関わる大きな陰謀へと巻き込まれた事件となるのであった。

故事舞台为2037年的东京・中野。主角高冈步论与好友弓川十字搭档从事着黑客工作，在这片自2036年2月6日的世界级巨大灾害“哀伤之晨”中幸存之地生活。 在这样的日子里，某天出于一些琐碎细故，步论脱口跟大家宣告说他约好了要与人“私奔”，但其实根本只是信口胡说。没想到，原本预期不会有人出现的步论，却在会合地点邂逅了一位神秘少女“桃”。 随后，神秘的袭击者紧追着桃现身。 正当步论与桃上演着绝地大逃亡之际，他取得了一个神秘的应用程式“存档＆读档”，获得能像电玩游戏那样将特定时刻存档重新来过的能力，两人也因此逃出了生天。然而，这一切却只不过是连串事件的开端…… 神秘的天才黑客“Cicada3301”与其抛出的各式无解“任务”； “垓机关”唤醒了本已冻结的地球模拟器； 以及私下谋划策动的梵蒂冈“513圣务室”派出的刺客阵。 在与桃的邂逅之后，步论被卷入了各方错纵的阴谋与企图之中，挺身而出面对撼动整个世界的大事件。 发挥黑客之力与“存档＆读档”等一切之后，方能在彼端看见的真相是？ “黑进”无限分歧的现实世界，“读档”找出拯救世界的结局吧！ 这是一段改写未来的“黑客”们的故事。