前作のＭｉｌｋｙｗａｙ２から２０年以上経過しています。

前々作の主人公一家は十分なお金を稼いだので、お店を辞めてしまって海外移住に移住して自由気ままに生活をしています。その際、退職金代わりにお店を咲夜にあげています。咲夜はＭｉｌｋｙｗａｙを昔の喫茶店「豆」に戻して経営を始めますが、経営不振で借金に追われてしまいます。「豆」にはそんな咲夜を助ける為に給料も貰わずに働くアルバイトのみぜるがいます。

前作の主人公は祐美と結婚をしており、娘の祐姫が産まれています。祐美は芸能界にデビューしませんでしたが、娘の祐姫が芸能界にデビューした事で芸能一家の沢木家が途絶えずに済んでいます。 鷹梨家は家業のファミレス経営が軌道に乗り、海外進出を果たしました。恋水は旦那と共にアメリカ支部の担当としてカナダに移住して、日本支部は娘の恋文の任せています。
恋文はＩＱ２００の天才児で、幼少の頃から周囲に騒がれてメディア等に出ています。それを利用して恋文本人はあえて会社の広告の為に自らメディアに出ています。

Ｍｉｌｋｙｗａｙ３は経営不振に喘ぐ咲夜の喫茶店を恋文が買い取り、Ｍｉｌｋｙｗａｙを新たに開店させる事で始まります。
主人公はそんなＭｉｌｋｙｗａｙを見てミーハー気分で幼なじみのみぜるに頼み込んでアルバイトを始めます。

ゲームは経営パートとアドベンチャーパートとに分かれています。経営パートの結果によって現れるヒロインが変化します。
また、一定条件をクリアする事で裏主人公の店長を選択できるようになり、経営パートでより攻略性が上がったり、攻略対象キャラが変化します