全てを奪われ、自由の街「エリューテリア」へとたどり着いた主人公の久阪雪光は、 「ダイナーを再興したい」という夢を抱く少女と出会い、そして結ばれた。 仲間たちとともに多くの困難を乗り越え、DDダイナーを再興して一年。 再び物語が動き出す。 雪光はウラガ機関の任務で関わりのあった双子の姉妹に再会する。 「まさか、メルクとバルタなのか……！？」 「必ずまた会えると信じていました。あなたが無事で本当によかった……！」 任務を遂行する中で、雪光はメルクと結婚の約束をした。 だがその約束が果たされることはなかった。 「過去のことは水に流して、これからまた同じ刻を過ごしてまいりましょう」 「あー、すまないがそういうわけには……」 過去の女性「メルク」と、今の恋人「ユニカ」。 二人の間で板挟みになった雪光は、果たしてどんな決断を下すのか。 一方で、不穏な影が雪光たちに迫りつつあった。 DD-mod保有者を「人類に仇為す者」と敵視し、殲滅しようともくろむ「白羊教聖教会」。 彼らは第五真祖アリスと、その背後にいるユニカと雪光に目をつけた。 「あれらは邪教崇拝者だ。怪物（フリークス）は狩らねばならない」 そう告げられたのは、白羊教聖教会のシスターであるメルクとバルタで—— —— 神の子らに宿りし魂には大いなる救済を、悪より出でし怪物（フリークス）には魂への贖罪を。 灰は灰へ、塵は塵へ、かくあれかし ——

キャロラインとの騒動が一段落つき、 母のベラドンナと和解したルージュ。 ルージュは雪光とラブラブな恋人生活を送っていた。 しかし和解はしたものの、ルージュとベラドンナは お互いに踏み出せずにいた。 そんな二人のために、 雪光は仲を取り持とうと動き出す——

カーティスと決着をつけたデスは、 再びDDダイナーで働く日常へと戻った。 しかしデスは変化のない毎日に飽きて、 恋人になった雪光に甘えて 少しずつだらけるようになっていた。 デスの所業を見るに見かねた桜子は 雪光にある提案をする。 その提案とは「デス調教計画」。 果たしてデスはメスガキから 大人の女に成長することができるのか——