全てを奪われ、自由の街「エリューテリア」へとたどり着いた主人公の久阪雪光は、 「ダイナーを再興したい」という夢を抱く少女と出会い、そして結ばれた。 仲間たちとともに多くの困難を乗り越え、DDダイナーを再興して一年。 再び物語が動き出す。 雪光はウラガ機関の任務で関わりのあった双子の姉妹に再会する。 「まさか、メルクとバルタなのか……！？」 「必ずまた会えると信じていました。あなたが無事で本当によかった……！」 任務を遂行する中で、雪光はメルクと結婚の約束をした。 だがその約束が果たされることはなかった。 「過去のことは水に流して、これからまた同じ刻を過ごしてまいりましょう」 「あー、すまないがそういうわけには……」 過去の女性「メルク」と、今の恋人「ユニカ」。 二人の間で板挟みになった雪光は、果たしてどんな決断を下すのか。 一方で、不穏な影が雪光たちに迫りつつあった。 DD-mod保有者を「人類に仇為す者」と敵視し、殲滅しようともくろむ「白羊教聖教会」。 彼らは第五真祖アリスと、その背後にいるユニカと雪光に目をつけた。 「あれらは邪教崇拝者だ。怪物（フリークス）は狩らねばならない」 そう告げられたのは、白羊教聖教会のシスターであるメルクとバルタで—— —— 神の子らに宿りし魂には大いなる救済を、悪より出でし怪物（フリークス）には魂への贖罪を。 灰は灰へ、塵は塵へ、かくあれかし ——

206X年、アドリシナ海上に浮かぶリゾートアイランド「エリューテリア」。 「万人にとっての自由」を標榜する地上の楽園に、主人公の久阪雪光はやってきた。 仕事も、故郷も、信念も、それまでの全てを奪われて……。 そこで雪光は白髪の少女、ユニカと出会う。 父を失い、大切にしていた思い出の場所――ダイナーレストランは他人の手に渡り、何もかも奪われてなお。 ユニカは「ダイナーを再興したい」と一人、夢を抱いていた。 そんな彼女に雪光は手を伸ばす。 俺がキミに手を貸そう。 だからキミは俺に夢を与えてくれ。 ここはエリューテリア。 行きすぎた自由の街、何でもありの夢の街。 料理の仕込みは完璧、キッチンは万全。 予備の弾倉＜マガジン＞も十分、安全装置＜セイフティ－＞を解除。 「みんな、準備はいいか？ ダフトドリーム・ダイナー、開店だ……！」 ―― 迷えるものに食事＜パン＞と酒＜ワイン＞を。明日を作る糧＜かて＞となりますように ――

カーティスと決着をつけたデスは、 再びDDダイナーで働く日常へと戻った。 しかしデスは変化のない毎日に飽きて、 恋人になった雪光に甘えて 少しずつだらけるようになっていた。 デスの所業を見るに見かねた桜子は 雪光にある提案をする。 その提案とは「デス調教計画」。 果たしてデスはメスガキから 大人の女に成長することができるのか——