行くあてのなかった有坂秋桜里が、迷い込むようにしてやってきた美浜学園。 “殺し屋育成学校”の教員という特殊な状況下で、彼女は既に三ヶ月の時を過ごしていた。 懸命に状況に適応し、生徒たちとも寄り添っていたはずの有坂だったが、学園は厳しい評価を突き付ける。 「謙虚で、不器用だけれど真面目で、何事にも熱心で真摯に向き合って……」 「良い先生だとは思うけど、それだけで務まるほど美浜の職員は甘くはないのが現実だ」 有坂は学園を巡り、改めて“殺し屋”として育てられてきた少女たちと対話することで自分を見つめ直す。 ──その最中。錆のように心を蝕む、あの悪夢が蘇る── “人殺しの家”で、繭のように心を閉ざしていた少女。 あぁ、怖い。 外の世界が怖い……。 どうすればいいの？ どうすれば許してくれるの？ 私がなにをしたの？ もう許して……。 有坂に、人生最大の決断の瞬間が迫る。 「それでもこの仕事を続けるかね？」 彼女の選んだ世界とは──。

聖エール外国人学校からやってきた九真城恵(メグミ)は、トーカの手ほどきにより、 狙撃手としての腕を上げ、戦傷から復帰したレナとマキと共にその牙を研ぎ澄ましていた。 同じ頃、美浜学園・初等部の仙石大雅(タイガ)は、実戦部隊である“A組”への配属を強く希望する。 ハンドラーであるハルトは、「クリスがタイガの上官となり面倒を見る」ことを編入の条件とした。 そしてクリスは、タイガと共に時間を過ごし、自らの心の変化に気付いていく。 全てが平穏に進んでいると思われた中、突如として国内で発生した未曾有のテロ事件。 事態を知ったクリスは、危険を顧みずに戦場へと飛び込んだ。 ――あの日、“彼女”がしたのと同じように。 「我々が想定していた中でも最悪の展開ですねぇ…」 「2人殺られてる! なんだっ!? なにがあった!?」 「日本に核を持ち込むということが、どういうことか分かっているのか…?」 「初めて人を撃つのは恐い…足が震える…」 「馬鹿め…全てを台無しにするつもりか!?」 次々と増えていく犠牲者。 組織の狭間で自由を奪われたSORD。 クリスとタイガ……そして美浜学園の運命は? 「そうか…私…死んだんだ…」 亡き母の想い出に抱かれ、少女は眠りの深淵へと向かう――。